L'evoluzione delle chiesa nel corso dei secoli

La chiesa nasce con l'impianto tradizionale di una basilica a tre navate, con transetto, absidi, torre nolare e cupola, secondo lo schema più semplificato delle chiese urbane del tempo. Le navate sono separate da quattro archi a tutto sesto sorretti da colonne in conci di pietra rustica con capitelli cubici tutti uguali, ornati da una leggera incisione che ne accompagna la curvatura. Unica particolarità nell'organizzazione della pianta è la presenza dei due absidi laterali, concepiti come cappelle di fondo.

La chiesa originaria, come tutte le chiese genovesi del centro storico, aveva l'ingresso a ovest; il suo orientamento era pertanto opposto a quello attuale: l'abside si trovava dove ora si ha l'andito d'ingresso e al posto dell'abside attuale si ergeva la facciata, rivolta al mare e alla Loggia dei Greci; sul sagrato c'era un piccolo cimitero, mentre sul retro vi era la loggia dei Pescatori, prospiciente quella dei Coltellieri.

La copertura era in capriate e si completava di una cupola, su cui si innestava una torre campanaria o nolare, di cui ci è rimasta solo una testimonianza grafica del Piaggio che, per quanto approssimativa, ne conferma l'esistenza e ne suggerisce la forma. La torre aveva pianta ottagonale, era ricoperta da un tetto cuspidato e presentava un'apertura centinata su ogni lato della cella campanaria.

San Marco ripete in forme molto semplici e spoglie il modello della chiesa di San Donato, valido per tanti altri templi romanici cittadini ed interpretato pochi anni dopo in San Giovanni di Prè con maggior originalità e aderenze alle nuove strutture.

Nel 1307 grazie ad un lascito venne eretta la casa canonica sopra la basilica stessa che portò gravi conseguenze strutturali e nel 1440 e nel 1594 la chiesa fu oggetto di restauri.

Il capovolgimento della chiesa fu conseguenza della nuova cinta di mura, decretata nel 1597, che la strinse da vicino ed obbligò l'ingresso dal lato di levante verso la città. In occasione di questo adattamento la chiesa venne ampliata e dotata di una nuova facciata e il portale, unico elemento decorativo, venne così eliminato. Durante l'intervento del 1646 la chiesa fu trasformata in senso barocco: l'originaria copertura in capriate venne sostituita da volte a botte, vennero posti nuovi altari e realizzati intonaci dipinti.

Nel 1783 la cupola sul transetto, poiché pericolante, venne demolita insieme alla torre nolare.

Soltanto nei primi anni del dopoguerra, tra i vari salvataggi e recuperi dei monumenti architettonici genovesi, fu riportato alla luce, in parte e solo all'interno, il primitivo aspetto della chiesa di San Marco. L'involucro esterno, informe e ancora ricoperto dagli intonaci seicenteschi, infatti non rivela tuttora affatto l'aspetto dell'originaria basilica romanica.

Oltre ad aver scrostato le pareti interne dagli intonaci seicenteschi, l'intervento degli anni 1947-48, a cura della Sovrintendenza ai Monumenti, ha chiarito l'effettiva posizione dell'abside centrale, grazie al ritrovamento delle sue fondamenta, e ha mostrato l'impostazione della cupola sul transetto.